La Fiscalía General de la Nación abrió una investigación penal contra Juliana Guerrero y varios directivos de la Fundación Universitaria San José por presuntas irregularidades en la obtención de su título como contadora pública. El caso estalló luego de que la congresista Jennifer Pedraza denunciara que Guerrero no presentó los exámenes Saber Pro ni Saber TyT, requisitos obligatorios para graduarse según la ley.
La Fiscalía 42 Especializada asumió el proceso, en el que se indagan posibles delitos de fraude procesal, falsedad en documento y falsedad personal. La denuncia se fortaleció con una certificación oficial del ICFES, que confirma la ausencia de registros de las pruebas exigidas. Este documento fue clave para que el Tribunal Administrativo de Cundinamarca ordenara su entrega, tras meses de resistencia institucional para revelar la información.